Sebelum menjadi Madrasah Negeri Model seperti sekarang ini, Madarasah ini mengalami perjalanan yang sangat panjang. Proses belajar mengajar di madrasah ini di mulai sejak tahun 1982 dan di kelola oleh pengurus pendidikan Al – Ijtihad.
Berawal dari keinginan pengurus pendidikan Al – Ijtihad untuk membentuk suatu lembaga pendidikan yang bernama Sekolah Islam Al – Ijtihad di bawah naungan Yayasan Pendidikan Islam Al – Ijtihad. Lokasi awal sekolah ini pada waktu itu berada di Kelurahan Selili tepatnya dekat dengan pelelangan ikan dengan tenaga pengajar dan 30 orang siswa.
Dengan fasilitas apa adanya proses belajar mengajar berjalan lancar namun besarnya perhatian masyarakat sekitar serta adanya usaha dari pihak pengelola sekolah maka dari waktu ke waktu Sekolah Islam Al – Ijtihad mengalami peningkatan. Hal ini terlihat pada tahun 1984 jumlah sisiwa bertambah banyak hingga 50 orang siswa.
Pada perkembangan selanjutnya Sekolah Islam Al – Ijtihad di pindahkan kejalan Lumba – lumba sekarang Sultan Alimuddin tempat MIN 2 Model sekarang berada. Dengan bangunan yang terbuat dari kayu terdiri dari 3 ruangan sedangkan tempat yang lama di bangun sebuah masjid.
Pada tahun 1989 Lembaga Pendidikan Islam Al – Ijtihad ini yang semula masih berbentuk
kepengurusan, kemudian di daftarkan ke Pengadilan Negeri dan di akui sebagai sebuah Yayasan Pendidikan Islam Al - Ijtihad berubah menjadi Yayasan Pendidikan Islam Al – Ijtihad yang di ketuai oleh H. Jailani Salman dan sejak itu pula resmilah Sekolah Islam Al – Ijtihad menjadi Madrasah Ibtidaiyah Al – Ijtihad.
Di bawah naungan Yayasan Pendidikan Islam Madrasah ini mengalami perubahan – perubahan yang progresif baik sarana, fasilitas maupun tenaga pengajarnya. Pada proses selanjutnya Madrasah ini berganti status menjadi Madrasah Ibtidaiyah Negeri 2 pada tahun 1995, dengan keputusan dari Kantor Agama, Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia No. 5154 Tahun 1995 Kepala Madrasah tetap di jabat oleh Bapak Sjahran. K, A.Ma.
Usaha keras dari Bapak Kepala Madrasah dan staf tenaga pengajar dalam melaksanakan proses belajar mengajar sehingga kepercayaan masyarakat terhadap Madrasah Ibtidaiyah Negeri ini semakin meningkat di samping itu juga nilai agama di madrasah ini lebih banyak daripada sekolah – sekolah yang lain hingga jumlah siswa – siswi di MIN bertambah banyak. Sehingga pada tahun 2000 Madrasah Ibtidaiyah Negeri 2 resmi menjadi Madrasah Ibtidiayah Negeri Model Selili Samarinda. Dan pada tahun 2002 jumlah siswa MIN Model berjumlah 674 siswa dan pada tahun 2003 ini menjadi 730 siswa sehingga Madrasah Ibtidaiyah Negeri Model merupakan Madrasah terbanyak dari segi jumlah siswanya, dan menjadi madrasah model dari 22 madrasah se – Indonesia.
Pada tahun 2003 Bapak Syahran. K, A.Ma resmi di gantikan oleh Dra. Mudi’ah sebagai Kepala Madrasah dan beliau di pindah tugaskan pada MTs Normal Islam sebagai tenaga pendidik, dan kita patut berterima kasih kepada beliau karena atas jasa beliau MIN. 2 Model menjadi Madrasah yang solid dan di segani di lingkungan Kelurahan Selili, dan kemudian pada tahun 2004 Dra. Mudi’ah di gantikan lagi oleh Bapak Drs. Suratman, M.Pd dan ini juga hanya berselang satu tahun dan beliau di gantikan oleh Ibu Shalihiah, S.Ag yang menjabat sebagai Kepala Madrasah sejak April 2005 hingga sekarang.
Dan di bawah pimpinan ibu Shalihiah, S.Ag MIN. 2 Model terus berbenah diri baik dari segi fisik maupun administrasi dan jumlah siswa pada tahun ajaran 2007 – 2008 mencapai 772 siswa dengan berbagai macam prestasi yang telah diraih terutama MIN. 2 Model sekarang mempunyai Drum Band yang berdiri pada 4 April 2006 dengan Koordinator Bapak Romeli, A.Ma dan tenaga pengajar Bapak Riduan dan Bapak Kuswoko memberikan prestasi yang gemilang antara lain : Juara II Lomba Syiar dan Pawai Akbar 1 Muharam 1428 H dan HUT Kota Samarinda ke - 339 tahun 2007, Juara I Padarampak Divisi A Borneo Drum & Marching Tournament 2006, Juara III Tournament & Kirab Drum Band Tingkat SD/MI se – Kota Samarinda WIYATAMANDALA CUP 2007 dan segudang prestasi yang lainnya. Madrasah Ibtidaiyah Negeri 2 Model ini nantinya akan menjadi tolak ukur Pendidikan Tingkat Dasar khususnya di Propinsi
Hal ini kini sudah di laksanakan dalam rangka peningkatan sumber daya manusia, terutama pada siswa – siswi melalui jalur peningkatan minat baca siswa melalui media Perpustakaan. Sejalan dengan perkembangan Madrasah dan arus teknologi global, maka peranan edukatif dan Administratif Madrasah merupakan komponen yang sangat penting untuk mendukung peranan siswa dalam upaya menghasilkan output kelulusan siswa yang berkualitas.
